Dr Frappier est pédiatre spécialisé en médecine pour adolescents, la spécialité médicale qui a fait de lui un membre fondateur du Collège Royal des Médecins et des Chirurgiens du Canada. Il est professeur de pédiatrie à la Faculté de médecine de l'Université de Montréal.

Dr Frappier est directeur du département de pédiatrie de l'Université de Montréal et du CHU Sainte-Justine. Il était aussi directeur de la section de médecine adolescente (2000-14) et de la pédiatrie sociale du CHU Sainte-Justine. Il a été président de la Société canadienne de pédiatrie (2011-12); il est actuellement le président du Centre de prévention des agressions de Montréal, le secrétaire-trésorier et un membre du conseil exécutif de l'Association internationale pour la santé des adolescents. Dr Frappier a été nommé Mentor de l'année 2009 pour le Québec par le Collège royal des médecins et chirurgiens du Canada, et a reçu un prix pour l’excellent travail autour du thème de la violence contre les enfants de la Fondation Marie-Vincent en 1999.

Ses nombreuses recherches se concentrent sur la sexualité, l'agression sexuelle, les troubles alimentaires, les infections transmises sexuellement (ITS) incluant le VPH, particulièrement chez les jeunes marginalisés, et la santé physique et mentale. Il a écrit plus de 180 articles, chapitres et rapports d'organismes gouvernementaux et non gouvernementaux. De plus, il a organisé plus de 30 conférences scientifiques provinciales, canadiennes ou internationales. Finalement, Dr Frappier a été invité à présenter sur les cinq continents.